Delivery

접수마감시간 & 배송일

Standard Oligo

주중 (월 ~ 금)	1차 접수	2차 접수	3차 접수	4차 접수	Long Oligo
mer	4 ~ 90 mer	4 ~ 70 mer	4 ~ 60 mer	4 ~ 90 mer	91 ~ 130 mer
마감 시간	전일 오후 11시 ~ 당일 오전 11시	오전 11시 ~ 오후 2시	오전 11시 ~ 오후 5시	오후 5시 ~ 오후 11시	~ 오후 5시
Delivery	1 days			2 days

주말 (토 ~ 일)	1차 접수	2차 접수
mer	4 ~ 35 mer	36 ~ 130 mer
마감시간	금요일 4차 접수 부터 ~ 일요일 오전 9시	월요일 1차 일괄접수
Delivery	1 Day	2 Days

Modification Oligo

주문마감시간	매일 오후 5시
Delivery	1 DAY	본사 진행 Modification Oligo에 한하여 진행
		주문 마감 후 3~5 영업일 소요
	Nextweek	Biobasic(Nextweek) 합성으로 진행되며 7~10 영업일 소요

아래 페이지에서 Oligo 배송 시간을 참고해주시기 바랍니다.
www.bionicsro.co.kr → 주요서비스 → DNA Synthesis → Standard Oligo 또는 Modified Oligo → 배송시간
대량 진행 및 기타 문의사항은 Oligo 대표전화 (02-6925-1626) 및 oligo@bionicsro.co.kr로 문의해 주시기 바랍니다.

Order

Oligo 주문하는 방법

주문방법 : manual 바로가기

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Oligo 견적

홈페이지에서 oligo 주문양식을 Download 하셔서 올리고 주문 메일 (oligo@bionicsro.co.kr) 로 보내주시면 됩니다.
성함, 소속, 전화번호 기재를 하시면 보다 빠른 서비스를 받아 보실 수 있습니다. 또는 담당 영업사원이나 02-6925-1626로 문의해주시기 바랍니다.

Storage

동결건조상태

Oligo는 일반적으로 투명한 모양으로 마르지만 합성된 Oligo의 양이나 동결 조건등에 따라 하얀색의 눈꽃송이처럼 마르는 경우도 있으며, 이는 정상적으로 잘 건조된 경우이므로 안심하시고 사용하셔도 됩니다. 또한 육안으로 보았을 때 마른 상태가 젤리처럼 보일 수 있으나 출하 전 검수 후에 보내드린 Oligo이므로 사용하셔도 됩니다.

Oligo 사용 및 보관방법

합성된 oligonucleotide는 건조된 상태로 제공되기 때문에 튜브 개봉 전 spin down 후 권장량의 TE buffer (10mM Tri-HCl pH8.0, 1mM EDTA) 또는 nuclease-free water로 녹여 100μM stock으로 보관합니다. 반복적인 동결 및 해동은 oligonucleotide 상태에 심각한 문제를 야기할 수 있기 때문에, 여러 tube로 분주 한 뒤 각각을 -20℃에서 보관하여 사용하기를 권장합니다.
Fluorescence modified oligonucleotide는 차광상태로 보관하기를 권장하고, 기타 modified oligonucleotide는 되도록 공기 노출을 최소화하여 보관하시기 바랍니다.

보관온도 (‘C)	RT in water	4’C in water	-20’C in water	-20’C Dry
사용기간 (month)	1~2	6	12	24
권장사용	1~2일 사용시	수주 사용시	권장보관	장기보관

Service

Oligo Scale & Mer & Guaranteed Yield

Scale & Mer

합성 Scale		25 nmole	50 nmole	200 nmole	1 μmole
mer	HAP	16~29 mer	4~90 mer	4~130 mer	4~130 mer
	PAGE	-	4~60 mer

Guaranteed Yield (OD)

합성 Scale		25 nmole	50 nmole	200 nmole	1 μmole
mer	HAP	3 OD	6 OD	9 OD	20 OD
	PAGE	-	2 OD	4 OD	10 OD

* 최대 130mer까지 합성진행
* Guaranteed Yield(OD)는 25mer 기준입니다.

Synthesis

Oligo 합성방법

Oligonucleotide 합성은 기본적으로 ①Deblocking ②Coupling ③Capping ④Oxidation 4단계의 cycle을 반복적으로 진행하며 이루어지고, 3’말단에서 5’말단까지 전용합성기에서 합성이 진행됩니다.
원하는 길이의 Oligonucleotide의 합성은 해당 과정들을 반복하여 합성이 완료되면 최종적으로 ammonia 처리를 하여 합성된 Oligonucleotide를 고형지지체로부터 분리한 뒤 정제과정을 거쳐 순수한 Oligonucleotide를 얻게 됩니다.

Oligo 합성 Scale & 합성량

현재 바이오닉스에서 제공되는 합성 scale은 25nmol, 50nmol, 200nmol, 1μmol 입니다.
50nmole scale 합성은 최종 올리고의 양이 50nmole 이 된다는 것이 아니라 합성 출발물질의 양을 50nmole로 하여 합성을 시작한다는 것을 의미합니다. 따라서 합성 및 정제된 최종 올리고의 양은 올리고의 길이, 합성효율(coupling efficiency, 보통 >98%), 염기서열, GC% 등에 따라 변하게 됩니다.

5’, 3’ 말단 구조 (-Phosphate group or -OH group)

화학적 Oligonucleotide 합성은 3'에서 5' 방향으로 이루어지고, 양 말단에는 -OH group이 붙어있습니다. 5'말단에 (혹은 3'말단) 인산기(phosphate group)를 원하시는 경우에는 modification oligo 항목에 Phosphorylation을 선택해 주시기 바랍니다.

Purification

HAP (High Affinity Purification) 정제란?

합성 cycle상에서 불완전하게 합성된 Oligonucleotide는 capping 반응으로 이후의 반응이 진행되지 않도록 격리시킵니다. 합성이 완료되면 온전히 합성된 Oligonucleotide에는 protecting group인 DMT기가 결합된 상태인데, HAP정제법은 DMT기에 높은 친화력이 있는 resin을 사용하여 정제함으로써 DMT기가 없이 capping된 Oligonucleotide를 대부분 제거할 수 있습니다. 바이오닉스에서는 HAP 정제를 모든 일반올리고에 무상으로 제공하고 있습니다.

PAGE (Polyacrylamide gel electrophoresis) 정제란?

합성된 Oligo를 Polyacrylamide gel에 전기영동하여 분리된 major oligo만을 추출하는 고순도 정제방법 입니다.
합성 base가 증가할 경우 필연적으로 불완전한 Oligonucleotide 함량이 증가하기 때문에 50 base 이상의 long oligo 정제에 적합하며, 130mer까지 진행이 가능합니다.
50nmole scale부터 합성이 가능하며, scale에 따라 추가적인 정제 비용이 발생합니다. PAGE 정제 선택시 3영업일이 소요됩니다.

HPLC (High-performance liquid chromatography) 정제란?

Reverse Phase Column을 통과시켜 합성된 올리고의 Hydrophobic한 성질을 이용하여 major oligo를 분리해 내는 방법입니다.
50 base 이하의 oligo 또는 Modified oligo에 적합한 고순도 정제 방법으로 정제 과정상의 Oligo 유실로 최종 수득률은 다소 감소하게 됩니다.
최소 50nmole scale부터 합성이 가능하며, scale에 따라 추가적인 정제 비용이 발생합니다. HPLC 선택시 3영업일이 소요됩니다.

Spectra of Fluorescent Dyes

Dye	Excitation Max (nm)	Emission Max (nm)
6-FAM	494	520
TET	521	541
HEX	535	553
TAMRA	556	580
CY3	546	563
CY5	646	662
CY5.5	675	694
JOE	529	555
ROX	588	608
Texas Red	598	617
DABCYL	478	-
BHQ-1	534	-
BHQ-2	579	-
BHQ-3	672	-

Dual-labeled Probe 조합

Dye	Excitation Max (nm)	Emission Max (nm)	Quencher와 호환성
			DABCYL	TAMRA	BHQ-1	BHQ-2	BHQ-3
6-FAM	494	520
JOE	529	555
TET	521	541
HEX	535	553
CY3	546	563
TAMRA	556	580
ROX	588	608
Texas Red	598	617
CY5	646	662
CY5.5	675	694

Q/C

Oligo Q/C 방법

합성된 Oligo는 품질보증을 위해 OD(Optical Density) 측정과 ESI-MS 분석을 진행합니다. ESI-MS을 통해 mass 분석이 이루어지고, 최대 ~130mer까지의 oligo를 전량 분석합니다.

Sample : ACG GAG TCT TCT AGT TGY GGC ACA CGG GCT TCT CAC TGT TAG CCA CTG GAC CAC CGG GGA AGT CCC TCA AGT GTT CTT TCT TTT TTA AAA TTT AAT TTA TTT CTT TCT TTT TGG CTG TGC CGG GCC TCC A (130mer)
M.W : 39893.91



* 바이오닉스의 모든 올리고 제품은, ESI-MS 분석이 무료 제공됩니다.

Chemical terms

Tm (melting temperature) 이란?

Oligonucleotide 중 50%가 double-strand(duplex 형태)를 이루고 나머지 50%는 single-strand 형태를 지닐 때의 온도를 말하며, 이에 영향을 미치는 Factor 로는 Oligonucleotide 의 sequence 와 반응시 Oligonucleotide의 농도, salt 농도 등이 있습니다. 이러한 Tm 은 Oligonucleotide의 상보염기서열 결합의 안정성을 나타내는 값입니다. Tm값은 PCR 반응시 Ta(annealing temperature) 값을 의미하진 않으며, 실험적으로 최적의 Ta값을 결정하는데 중요한 참고 값으로 이용될 수 있습니다.
바이오닉스에서는 Richard Owczarzy (Biochemistry 2004, 43, 3537-3554)에 의해 고안된 계산식에 따라 Tm값을 산출합니다. 현재 Tm값을 계산하는 여러 가지 계산식이 존재하고 있으며, 사용하는 계산식에 따라 값이 달라지기 때문에 제공되는 Tm값은 참고용으로만 실험에 사용해주시기 바랍니다.

GC% (GC content, GC ratios) 이란?

Oligonucleotide GC%는 G, C base 함량을 의미하는 것으로 Tm 값에 크게 영향을 미칩니다. G와 C의 수가 많으면 Tm 값이 증가합니다. 일반적으로 PCR primer로 사용될 때 Oligonucleotide의 적정 GC함량은 40~60%를 권장합니다.

MW (Molecular Weight) 이란?

Oligonucleotide의 분자량을 의미하고, degenerate oligonucleotide의 경우 해당 Mixed base의 평균값으로 계산합니다.
M.W. = (nA x 313.21) + (nC x 289.18) + (nG x 329.21) + (nT x 304.2) – 61.96
* degenerate oligonucleotide란? (=Mixed base)
sequence 상의 변이를 고려하여 모든 sequence에 binding할 수 있도록 하나의 위치에 두 개 이상의 base가 있는 primer를 의미합니다.

R	Y	M	K	S	W	H	B	V	D	N
A,G	C,T	A,C	G,T	C,G	A,T	A,C,T	C,G,T	A,C,G	A,G,T	A,C,G,T

OD (Optical Density) 이란?

1OD₂₆₀ 는 260nm 자외선이 1cm pathlength 를 통과할 후, 측정된 흡광도 (absorbance) 값이 1일 때의 그 수용액 1ml에 함유된 핵산의 양을 의미합니다. dsDNA = 50, ssDNA = 33, dsRNA = 40 μg/ml로 일정하나, Oligonucleotide의 경우, 염기서열 및 길이에 따라 1OD₂₆₀ unit이 다르기 때문에 흡광계수 (ε = Extinction Coefficient)를 통한 계산이 필요합니다. 합성된 올리고는 매우 미량이라 어느 정도의 양이 있는지 무게를 재서 알아내기 힘듭니다. 따라서 위에서 언급한 것처럼 올리고의 빛의 흡광도를 측정하여 간접적으로 정량을 하게 되는데 이때 빛의 흡수량을 O.D (Optical density) 값으로 표시합니다. 합성 올리고를 파장 260nm 의 UV Light 에서 OD 값을 측정한 뒤 다음과 같은 수식을 이용하여 합성된 올리고의 양을 얻어냅니다.
O.D = ε C
ε (Extinction Coefficient) = 물질이 빛을 흡수하는 정도를 나타내는 상수.
C = 올리고 농도

Calculation

Mole 농도 (1 pmole/ul = 1 μM)

합성된 올리고는 M (mole/L) 단위로 계산되고 100 pmole/ul로 제공됩니다. 데이터시트에 표기된 100 pmole/μl는 100 μM 과 같은 의미입니다.
Oligomer의 기본농도는 M (mole/L) 이고, 경우에 따라서 그 앞에 붙는 μ(micro), n(nano), p(pico) 등의 첨자들은 M을 보조하는 단위들입니다.
1pmole/μl
= 1 X 10-12 mole / 1 X 10-6 L
= 1 X 10-6 mole / L
= 1 umole / L
= 1 μM

deci [d]	dM	10−1
centi [c]	cM	10−1
milli [m]	mM	10−3
micro [u]	μM	10−6
nano [n]	nM	10−9
pico [p]	pM	10−12
femto [f]	fM	10−15
atto [a]	aM	10−18
z [m]	zM	10−21
yocto [y]	yM[4]	10−24

g 단위 변환

데이터시트에는 M.W, nmole, ng에 대한 정보가 나와있습니다. M.W과 nmole를 통해서 g 단위로 환산할 수 있습니다.
M.W (g) * mole 수 (nmole) = ng
ex) AAAAAAAAAAAAAAAAA (17mer)
5262.6 (M.W) X 14.5 (nmole) = 76307.7 ng = 76.3077 μg = 0.0763077 g