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DNA Oligo Synthesis

바이오닉스사는 1998년 Oligo synthesis service를 시작한 이래, 최신 설비와 노하우를 바탕으로 고품질 DNA Oligonucleotide를 생산/공급하고 있습니다.
또한 Global Oligo 제조공급사인 BIOBASIC® 과 지속적인 기술협력을 통하여 DNA Oligonucleotide 품질 향상을 도모하고 있으며, 이를 기반으로 업계 최고 수준을 자랑하는 Oligo 합성 서비스를 제공하고 있습니다.
국내유일의 최신 ESI MS 도입으로 전량의 올리고(~130mer)에 대한 Oligo 순도 및 분자량 QC를 진행합니다.

국내 최초 ESI-MS 도입으로 정확한 Oligo 순도 및 분자량 QC

PAGE ESI-MS

[Ex] 특이한 base 조성으로 인해 PAGE상에서 비정상적으로 migration된 oligo
ESI-MS 분석으로 정확한 oligo 분자량 및 순도 확인

Benefit Summary of MALDI-TOF vs. ESI

Criteria MALDI-TOF ESI
<50 bases + +
>50 bases - ++
Photosensitive Modified Oligonucleotide - +
Degenerate (wobble) Oligonucleotide - +
Throughput +++ +
N-1 Detection + +
Incomplete deprotection + +
Depurination + +
Mass accuracy + ++
(출처 : Sigma - aldrich)

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Standard Oligo (Bionics 1Day)

@ Oligo Price

합성 Scale 25 nmole 50 nmole 200 nmole 1 μmole
Price(Mer) 500 원 650 원 800 원 3,000 원
Purification Price HAP 무료
PAGE - 20,000원 30,000원
HPLC

@ Guaranteed Yield

합성 Scale 25 nmole 50 nmole 200 nmole 1 μmole
Guaranteed Yield (OD) HAP 3 OD 6 OD 9 OD 20 OD
PAGE - 2 OD 4 OD 10 OD
HPLC

@ 주문가능 Mer

합성 Scale 25 nmole 50 nmole 200 nmole 1 μmole
Mer HAP 16 ~ 29 mer 4 ~ 90 mer 4 ~ 130 mer 4 ~ 130 mer
PAGE - 4 ~ 60 mer 4 ~ 130 mer 4 ~ 130 mer
HPLC
  • 모든 올리고에는 HAP 정제와 ESI-MASS QC (~130mer) 가 무료로 제공됩니다.
  • PAGE, HPLC 정제는 50 nmole 부터 가능합니다.
  • Nextweek (BioBasic) 합성을 원하시는 고객께서는 7 ~ 10영업일 소요 진행됩니다.

Standard Oligo (Biobasic Nextweek)

@ Special Service

Nextweek Oligo
Delivery 7 ~ 10영업일 (Business Day 기준)
Mer (base) 16~29 mer
Scale 25 nmole (2 OD보장)
Purification HAP 기본정제
Price 190 원 / mer
  • 바이오닉스만의 경쟁력으로 보다 저렴한 가격에 고퀄리티의 oligo를 제공하고자 다음과 같은 special service 실시하고 있습니다.

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Modification Oligo (Bionics 1Day)

합성 Scale 100 nmole 200 nmole 400 nmole 1 μmole
Price Mer 600 원 800 원 1,500 원 3,000 원
PAGE 30,000 원
HPLC 30,000 원
Modification 5' Mod. 3' Mod. 100 nmole 200 nmole 400 nmole 1 μmole
Guaranteed Yield (OD) 2 OD 5 OD 10 OD 20 OD
Phosphorylation 10,000 원 25,000 원 55,000 원 120,000 원
Amino Modifier - NH2 C6 10,000 원 25,000 원 55,000 원 120,000 원
Biotin 45,000 원 70,000 원 115,000 원 230,000 원
6-FAM 30,000 원 55,000 원 100,000 원 220,000 원
HEX 40,000 원 65,000 원 140,000 원 290,000 원
CY3 110,000 원 130,000 원 220,000 원 420,000 원
CY5 NHS Ester 110,000 원 130,000 원 220,000 원 420,000 원
BHQ-1 60,000 원 90,000 원 170,000 원 350,000 원
BHQ-2 60,000 원 90,000 원 170,000 원 350,000 원
6-FAM – BHQ-1 160,000 원 185,000 원 300,000 원 530,000 원
6-FAM – TAMRA 150,000 원 175,000 원 290,000 원 520,000 원
HEX – BHQ-1 170,000 원 195,000 원 330,000 원 590,000 원
HEX – TAMRA 160,000 원 185,000 원 320,000 원 580,000 원
CY3 - BHQ1 260,000 원 290,000 원 500,000 원 970,000 원
CY3 - BHQ2 260,000 원 290,000 원 500,000 원 970,000 원
CY5 NHS Ester - BHQ2 260,000 원 290,000 원 500,000 원 970,000 원
  • 바이오닉스 본사에서 진행하는 Modification Oligo 입니다. 주문접수 후 3 ~ 5일 소요됩니다.
  • Modification Oligo 주문시, PAGE 또는 HPLC 정제를 선택해 주시기 바랍니다. Scale에 상관없이 정제료는 30,000원으로 동일합니다.

Modification Oligo (Biobasic Nextweek)

Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
Acrydite
Aldehyde Modifier (CHO)
Alkyne Modifier
Amino Modifier - NH2 C12
Amino Modifier - NH2 C6
Amino Modifier - NH2 C6 dT
Amino Modifier - NH2 C7
Azide Modifier
Biotin
Biotin dT
Biotin-TEG
Dual Biotin
Desthio Biotin-TEG
Carboxy Modifier (C00H)
Digoxigenin dT
Digoxigenin NHS Ester
Dithiol
Ferrocene Modifier
Thiol Modifier C3 SH
Thiol Modifier C3 S-S
Thiol Modifier C6 SH
Thiol Modifier C6 S-S
Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
BHQ-1
BHQ-1 dT
BHQ-2
BHQ-2 dT
BHQ-3
Dabcyl
Dabcyl dT
Dabcyl NHS Ester
Eclipse
Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
6-FAM
6-FAM dT
Alexa Fluor 488
AMCA
CY3
CY5 dT
CY5 NHS Ester
CY5.5
DBCO
HEX
JOE NHS Ester
Methylene Blue
ROX NHS Ester
TAMRA dT
TAMRA NHS Ester
TET
Texas Red
Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
Dideoxy-A (ddC)
Dideoxy-C (ddC)
Dideoxy-G (ddC)
Dideoxy-T (ddC)
2-Aminopurine
2F-RNA Modifier
2'-O-Methyl
5-Aza-2'-deoxycytidine
5-Bromo dU
8-OXO-dA
8-OXO-dG
DeoxyInosine dI
DeoxyUridine dU
Inverted dA
Inverted dC
Inverted dG
Inverted dT
Phosphorothioate Bond
Pyrrolo-dC
XNA Modifier - backbone mod.
Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
Phosphorylation
Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
C3 Spacer
C6 Spacer
dSpacer
PC Linker
Spacer 18
Spacer 9
Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
6-FAM & BHQ-1 6-FAM BHQ-1
6-FAM & BHQ-1 dT 6-FAM BHQ-1 dT
6-FAM & Eclipse 6-FAM Eclipse
6-FAM & TAMRA NHS Ester 6-FAM TAMRA NHS Ester
CY3 NHS Ester & BHQ-2 CY3 NHS Ester BHQ-2
CY3 NHS Ester & BHQ-3 CY3 NHS Ester BHQ-3
CY5 NHS Ester & BHQ-2 CY5 NHS Ester BHQ-2
CY5 NHS Ester & BHQ-3 CY5 NHS Ester BHQ-3
CY5.5 NHS Ester & BHQ-2 CY5.5 NHS Ester BHQ-2
CY5.5 NHS Ester & BHQ-3 CY5.5 NHS Ester BHQ-3
HEX & BHQ-1 HEX BHQ-1
HEX & BHQ-1 dT HEX BHQ-1 dT
HEX & Eclipse HEX Eclipse
HEX & TAMRA NHS Ester HEX TAMRA NHS Ester
JOE NHS Ester & BHQ-1 JOE NHS Ester BHQ-1
JOE NHS Ester & BHQ-2 JOE NHS Ester BHQ-2
ROX NHS Ester & BHQ-2 ROX NHS Ester BHQ-2
ROX NHS Ester & Eclipse ROX NHS Ester Eclipse
TAMRA NHS Ester & BHQ-2 TAMRA NHS Ester BHQ-2
TAMRA NHS Ester & Eclipse TAMRA NHS Ester Eclipse
TET & BHQ-2 TET BHQ-2
TET & TAMRA NHS Ester TET TAMRA NHS Ester
Texas Red & BHQ-2 Texas Red BHQ-2
Modification (Mod.) Name 5' Mod. 3' Mod. Internal Mod.
6-FAM & Dabcyl 6-FAM Dabcyl
CY3 & Dabcyl CY3 Dabcyl
CY5 & Dabcyl CY5 Dabcyl
HEX & Dabcyl HEX Dabcyl
JOE & Dabcyl JOE Dabcyl
ROX & Dabcyl ROX Dabcyl
TAMRA NHS Ester & Dabcyl TAMRA NHS Ester Dabcyl
TET & Dabcyl TET Dabcyl
Texas Red & Dabcyl Texas Red Dabcyl
  • 바이오닉스는 Global Oligo 제조공급사인 BIOBASIC®와 함께하고 있습니다. 다양한 종류의 고품질 올리고 합성 서비스를 이용하시기 바랍니다.
  • 주문접수 후 7~10 영업일 소요됩니다.
  • 자세한 가격정보는 Oligo 대표전화 (02-6925-1626) 및 oligo@bionicsro.co.kr로 문의해 주시기 바랍니다.

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Standard Oligo

주중 (월~금) 1차 접수 2차 접수 3차 접수 4차 접수 Long Oligo
mer ~ 90 mer ~ 70 mer ~ 60 mer ~ 90 mer 91 ~ 130 mer
마감시간 전일 오후 11시 ~ 당일 오전 11시 오전 11시 ~ 오후 2시 오전 11시 ~ 오후 5시 오후 5시 ~ 오후 11시 ~ 오후 5시
Delivery 1 Day 2 Day
주말 (토~일) 1차 접수 2차 접수
mer ~ 35 mer 36 ~ 130 mer
마감시간 금요일 4차 접수 부터 ~ 일요일 오전 9시 월요일 1차 일괄접수
Delivery 1 Day 2 Day
  • PAGE, HPLC 정제의 경우 주문시간에 관계없이 1~2 영업일 추가 소요됩니다.
  • Biobasic( Nextweek) 주문시, 7~10 영업일 추가 소요됩니다.

Modification Oligo

주문 마감시간 매일 오후 5시
Delivery 1 DAY 본사 진행 Modification Oligo에 한하여 진행
주문 마감 후 3~5 영업일 소요(~60mer 까지 가능)
Next week 주문시 Biobasic 합성으로 진행되며 7~10 영업일 소요
  • 전량의 Modification Oligo 는 ESI-MASS QC 가 진행되며 결과는 홈페이지에서 확인하실 수 있습니다.
  • 대량 진행 및 기타 문의사항은 Oligo 대표전화 (02-6925-1626) 및 oligo@bionicsro.co.kr로 문의해 주시기 바랍니다.

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Oligo FAQ


Delivery
A Standard Oligo
주중 (월 ~ 금) 1차 접수 2차 접수 3차 접수 4차 접수 Long Oligo
mer ~ 90 mer ~ 70 mer ~ 60 mer ~ 90 mer 91 ~ 130 mer
마감 시간 전일 오후 11시
~ 당일 오전 11시
오전 11시
~ 오후 2시
오전 11시
~ 오후 5시
오후 5시
~ 오후 11시
~ 오후 5시
Delivery 1 days 2 days
주말 (토 ~ 일) 1차 접수 2차 접수
mer ~ 35 mer 36 ~ 130 mer
마감시간 금요일 4차 접수 부터 ~ 일요일 오전 9시 월요일 1차 일괄접수
Delivery 1 Day 2 Days
Modification Oligo
주문마감시간 매일 오후 5시
Delivery 1 DAY 본사 진행 Modification Oligo에 한하여 진행
주문 마감 후 3~5 영업일 소요 (~60mer 까지 가능)
Nextweek Biobasic(Nextweek) 합성으로 진행되며 7~10 영업일 소요
아래 페이지에서 Oligo 배송 시간을 참고해주시기 바랍니다.
www.bionicsro.co.kr → 서비스 → DNA Oligo Synthesis → 배송시간
대량 진행 및 기타 문의사항은 Oligo 대표전화 (02-6925-1626) 및 oligo@bionicsro.co.kr로 문의해 주시기 바랍니다.


Order
A 주문방법 - manual 바로가기
동일수주 재주문방법 -manual 바로가기
A 홈페이지에서 oligo 주문양식을 Download 하셔서 올리고 주문 메일 (oligo@bionicsro.co.kr) 로 보내주시면 됩니다. 성함, 소속, 전화번호 기재를 하시면 보다 빠른 서비스를 받아 보실 수 있습니다. 또는 담당 영업사원이나 02-6925-1626로 문의해주시기 바랍니다.

Storage
A Oligo는 일반적으로 투명한 모양으로 마르지만 합성된 Oligo의 양이나 동결 조건등에 따라 하얀색의 눈꽃송이처럼 마르는 경우도 있으며, 이는 정상적으로 잘 건조된 경우이므로 안심하시고 사용하셔도 됩니다. 또한 육안으로 보았을 때 마른 상태가 젤리처럼 보일 수 있으나 출하 전 검수 후에 보내드린 Oligo이므로 사용하셔도 됩니다.
A 합성된 oligonucleotide는 건조된 상태로 제공되기 때문에 튜브 개봉 전 spin down 후 권장량의 TE buffer (10mM Tri-HCl pH8.0, 1mM EDTA) 또는 nuclease-free water로 녹여 100μM stock으로 보관합니다. 반복적인 동결 및 해동은 oligonucleotide 상태에 심각한 문제를 야기할 수 있기 때문에, 여러 tube로 분주 한 뒤 각각을 -20℃에서 보관하여 사용하기를 권장합니다.
Fluorescence modified oligonucleotide는 차광상태로 보관하기를 권장하고, 기타 modified oligonucleotide는 되도록 공기 노출을 최소화하여 보관하시기 바랍니다.

보관온도 (‘C) RT in water 4’C in water -20’C in water -20’C Dry
사용기간 (month) 1~2 6 12 24
권장사용 1~2일 사용시 수주 사용시 권장보관 장기보관

Service
A Scale & Mer
합성 Scale 25 nmole 50 nmole 200 nmole 1 μmole
mer HAP 16~29 mer 4~90 mer 4~130 mer 4~130 mer
PAGE - 4~60 mer 4~130 mer 4~130 mer
Guaranteed Yield (OD)
합성 Scale 25 nmole 50 nmole 200 nmole 1 μmole
mer HAP 3 OD 6 OD 9 OD 20 OD
PAGE - 2 OD 4 OD 10 OD
* 최대 130mer까지 합성진행


Synthesis
A Oligonucleotide 합성은 기본적으로 1)Deblocking 2)Coupling 3) Capping 4)Oxidation 4단계의 cycle을 반복적으로 진행하며 이루어지고, 3’말단에서 5’말단까지 전용합성기에서 합성이 진행됩니다.
원하는 길이의 Oligonucleotide의 합성은 해당 과정들을 반복하여 합성이 완료되면 최종적으로 ammonia 처리를 하여 합성된 Oligonucleotide를 고형지지체로부터 분리한 뒤 정제과정을 거쳐 순수한 Oligonucleotide를 얻게 됩니다.
A 현재 바이오닉스에서 제공되는 합성 scale은 25nmol, 50nmol, 200nmol, 1μmol 입니다.
50nmole scale 합성은 최종 올리고의 양이 50nmole 이 된다는 것이 아니라 합성 출발물질의 양을 50nmole로 하여 합성을 시작한다는 것을 의미합니다. 따라서 합성 및 정제된 최종 올리고의 양은 올리고의 길이, 합성효율(coupling efficiency, 보통 >98%), 염기서열, GC% 등에 따라 변하게 됩니다.
A 화학적 Oligonucleotide 합성은 3'에서 5' 방향으로 이루어지고, 양 말단에는 -OH group이 붙어있습니다. 5'말단에 (혹은 3'말단) 인산기(phosphate group)를 원하시는 경우에는 modification oligo 항목에 Phosphorylation을 선택해 주시기 바랍니다

Purification
A 합성 cycle상에서 불완전하게 합성된 Oligonucleotide는 capping 반응으로 이후의 반응이 진행되지 않도록 격리시킵니다. 합성이 완료되면 온전히 합성된 Oligonucleotide에는 protecting group인 DMT기가 결합된 상태인데, HAP정제법은 DMT기에 높은 친화력이 있는 resin을 사용하여 정제함으로써 DMT기가 없이 capping된 Oligonucleotide를 대부분 제거할 수 있습니다. 바이오닉스에서는 HAP 정제를 모든 일반올리고에 무상으로 제공하고 있습니다.
A 합성된 Oligo를 Polyacrylamide gel에 전기영동하여 분리된 major oligo만을 추출하는 고순도 정제방법 입니다.
합성 base가 증가할 경우 필연적으로 불완전한 Oligonucleotide 함량이 증가하기 때문에 50 base 이상의 long oligo 정제에 적합하며, 130mer까지 진행이 가능합니다.
50nmole scale부터 합성이 가능하며, scale에 따라 추가적인 정제 비용이 발생합니다. PAGE 정제 선택시 3영업일이 소요됩니다.
A Reverse Phase Column을 통과시켜 합성된 올리고의 Hydrophobic한 성질을 이용하여 major oligo를 분리해 내는 방법입니다.
50 base 이하의 oligo 또는 Modified oligo에 적합한 고순도 정제 방법으로 정제 과정상의 Oligo 유실로 최종 수득률은 다소 감소하게 됩니다.
최소 50nmole scale부터 합성이 가능하며, scale에 따라 추가적인 정제 비용이 발생합니다. HPLC 선택시 3영업일이 소요됩니다.
A
Dye Excitation Max (nm) Emission Max (nm)
6-FAM 494 520
TET 521 541
HEX 535 553
TAMRA 556 580
CY3 546 563
CY5 646 662
CY5.5 675 694
JOE 529 555
ROX 588 608
Texas Red 598 617
DABCYL 478 -
BHQ-1 534 -
BHQ-2 579 -
BHQ-3 672 -
A
Dye Excitation
Max (nm)
Emission
Max (nm)
Quencher와 호환성
DABCYL TAMRA BHQ-1 BHQ-2 BHQ-3
6-FAM 494 520
JOE 529 555
TET 521 541
HEX 535 553
CY3 546 563
TAMRA 556 580
ROX 588 608
Texas Red 598 617
CY5 646 662
CY5.5 675 694

Q/C
A 합성된 Oligo는 품질보증을 위해 OD(Optical Density) 측정과 ESI-MS 분석을 진행합니다. ESI-MS을 통해 mass 분석이 이루어지고, 최대 ~130mer까지의 oligo를 전량 분석합니다.
Sample : ACG GAG TCT TCT AGT TGY GGC ACA CGG GCT TCT CAC TGT TAG CCA CTG GAC CAC CGG GGA AGT CCC TCA AGT GTT CTT TCT TTT TTA AAA TTT AAT TTA TTT CTT TCT TTT TGG CTG TGC CGG GCC TCC A (130mer)
M.W : 39893.91

* 바이오닉스의 모든 올리고 제품은, ESI-MS 분석이 무료 제공됩니다.

Chemical terms
A Oligonucleotide 중 50%가 double-strand(duplex 형태)를 이루고 나머지 50%는 single-strand 형태를 지닐 때의 온도를 말하며, 이에 영향을 미치는 Factor 로는 Oligonucleotide 의 sequence 와 반응시 Oligonucleotide의 농도, salt 농도 등이 있습니다. 이러한 Tm 은 Oligonucleotide의 상보염기서열 결합의 안정성을 나타내는 값입니다. Tm값은 PCR 반응시 Ta(annealing temperature) 값을 의미하진 않으며, 실험적으로 최적의 Ta값을 결정하는데 중요한 참고 값으로 이용될 수 있습니다.
바이오닉스에서는 Richard Owczarzy (Biochemistry 2004, 43, 3537-3554)에 의해 고안된 계산식에 따라 Tm값을 산출합니다. 현재 Tm값을 계산하는 여러 가지 계산식이 존재하고 있으며, 사용하는 계산식에 따라 값이 달라지기 때문에 제공되는 Tm값은 참고용으로만 실험에 사용해주시기 바랍니다.
A Oligonucleotide GC%는 G, C base 함량을 의미하는 것으로 Tm 값에 크게 영향을 미칩니다. G와 C의 수가 많으면 Tm 값이 증가합니다. 일반적으로 PCR primer로 사용될 때 Oligonucleotide의 적정 GC함량은 40~60%를 권장합니다.
A Oligonucleotide의 분자량을 의미하고, degenerate oligonucleotide의 경우 해당 Mixed base의 평균값으로 계산합니다.
M.W. = (nA x 313.21) + (nC x 289.18) + (nG x 329.21) + (nT x 304.2) – 61.96
* degenerate oligonucleotide란? (=Mixed base)
sequence 상의 변이를 고려하여 모든 sequence에 binding할 수 있도록 하나의 위치에 두 개 이상의 base가 있는 primer를 의미합니다.

R Y M K S W H B V D N
A,G C,T A,C G,T C,G A,T A,C,T C,G,T A,C,G A,G,T A,C,G,T
A 1OD260 는 260nm 자외선이 1cm pathlength 를 통과할 후, 측정된 흡광도 (absorbance) 값이 1일 때의 그 수용액 1ml에 함유된 핵산의 양을 의미합니다. dsDNA = 50, ssDNA = 33, dsRNA = 40 μg/ml로 일정하나, Oligonucleotide의 경우, 염기서열 및 길이에 따라 1OD260 unit이 다르기 때문에 흡광계수 (ε = Extinction Coefficient)를 통한 계산이 필요합니다. 합성된 올리고는 매우 미량이라 어느 정도의 양이 있는지 무게를 재서 알아내기 힘듭니다. 따라서 위에서 언급한 것처럼 올리고의 빛의 흡광도를 측정하여 간접적으로 정량을 하게 되는데 이때 빛의 흡수량을 O.D (Optical density) 값으로 표시합니다. 합성 올리고를 파장 260nm 의 UV Light 에서 OD 값을 측정한 뒤 다음과 같은 수식을 이용하여 합성된 올리고의 양을 얻어냅니다.
O.D = ε C
ε (Extinction Coefficient) = 물질이 빛을 흡수하는 정도를 나타내는 상수.
C = 올리고 농도

Calculation
A 합성된 올리고는 M (mole/L) 단위로 계산되고 100 pmole/ul로 제공됩니다. 데이터시트에 표기된 100 pmole/μl는 100 μM 과 같은 의미입니다.
Oligomer의 기본농도는 M (mole/L) 이고, 경우에 따라서 그 앞에 붙는 μ(micro), n(nano), p(pico) 등의 첨자들은 M을 보조하는 단위들입니다.
1pmole/μl
= 1 X 10-12 mole / 1 X 10-6 L
= 1 X 10-6 mole / L
= 1 umole / L
= 1 μM
deci [d] dM 10−1
centi [c] cM 10−1
milli [m] mM 10−3
micro [u] μM 10−6
nano [n] nM 10−9
pico [p] pM 10−12
femto [f] fM 10−15
atto [a] aM 10−18
z [m] zM 10−21
yocto [y] yM[4] 10−24
A 데이터시트에는 M.W, nmole, ng에 대한 정보가 나와있습니다. M.W과 nmole를 통해서 g 단위로 환산할 수 있습니다.
M.W (g) * mole 수 (nmole) = ng
ex) AAAAAAAAAAAAAAAAA (17mer)
5262.6 (M.W) X 14.5 (nmole) = 76307.7 ng = 76.3077 μg = 0.0763077 g