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RNAi synthesis

바이오닉스에서 제공하는 siRNA synthesis(Genepharma)은
- Negative control(1.25nmole)을 무료로 제공합니다.
- HPLC 정제를 기본으로 합니다.
- Annealed dsRNA form으로 기본 제공됩니다. (요청 시 ssRNA로도 제공 가능합니다.)
- Chemically Modified나 Fluorescent dye-labeled siRNA 주문도 가능합니다.
- Set로 주문하시면 최소 하나의 candidate에서 70%(qPCR test) inhibit 효율이 보장되지 않을경우 재합성해 드립니다.

Modified siRNA
Standard siRNA chemically-modified siRNA
siRNA degradation 세포 배양 과정에서 쉽게 분해 될 수 있습니다. 대부분의 in vitro 실험에서 효과적이지만 수명은 짧습니다 혈청 및 세포 배양에서 기대 수명을 연장시킬뿐만 아니라 in vitro 적용 능력을 강화시킵니다.
Long time effect 정상적인 상황에서 약 1 주일로 상대적인 단시간 효과를 볼 수 있습니다 오랜 시간 효과가 있으며 유효 시간은 Standard siRNA의 2 배입니다
In vivo activity 안정성이 떨어지며, 일반적으로 생체 실험에는 적용 할 수 없습니다. 생체 내에서 강한 안정성을 가지고 있습니다.

Chemically Modified siRNA
사용상의 안정성 및 target gene에 대한 knock-down효율을 증가시키기 위해 사용됩니다. 또한, transfection 후에 세포내에서 오랜기간 유전자의 변화를 관찰할 수 있으며, in vivo실험까지 계획하고 있는 분들께 추천해 드립니다. 다음 2개중 선택할 수 있습니다.
2'-O-Me
2'-Fluoro

Special Modified siRNA list
5' P
5' NH2
3' NH2
5' Biotin
3' Biotin
Phosphorothioate Linkage
5' Thiol
5' Cholesterol
3' Cholesterol
3' BHQ-1
3' Dabcyl
C6 S-S
5-Me-dC
5' TET
5' HEX

Fluorescent dye-labeled siRNA list
5' FAM
3' FAM
5' CY3
3' CY3
5' CY5
Anti-sense 5 '말단의 표지는 gene silencing 활성에 영향을 미치므로,이 부위의 표지는 권장하지 않습니다.
다른 세 부분( Anti-sense 3 '말단, sense가닥의 5 '말단, sense가닥의 3 '말단)의 modification은 침묵 활동에 영향을 미치지 않으며, 저희는 가장 잘 알려져 있는 chemical labeling 장소인 sense 5 '말단에 labeling 합니다.

miRNA mimics & miRNA inhibitors
miRNA mimics는 세포내에 있는 mature miRNA와 똑같은 서열로 만들어진 합성 RNA를 말하며, miRNA inhibitor는 miRNA와 상보적인 서열을 가지고 있어서 miRNA가 mRNA에 결합하지 못하게 하는 역할을 합니다. miRNA mimics와 miRNA inhibitors 역시 합성 가능합니다.

Guaranteed set
세트로 되어있는 제품은 최소 하나의 candidate에서 70%(qPCR test) inhibit efficiency를 보장하고 있어 처음 실험을 시작하는 연구자들에게 적합한 구성입니다. 이 구성에는 Negative control, FAM-labeled negative control, Positive control도 포함되어 있습니다. Accession Number와 Gene Name만 알려주시면 서열을 디자인해 드립니다.

Cat. Product 공통포함사항
A10001 Pre-designed siRNA : set A
- 3 candidates(각 5nmole)
- Negative control (2.5nmole)
- FAM-labeled negative control (2.5nmole)
- Positive control (2.5nmole)
A10002 Pre-designed siRNA : set B
- 4 candidates(각 10nmole)
A10003 Chemically-modified siRNA : set C
- 3 candidates(각 5nmole)
A10004 Chemically-modified siRNA : set D
- 4 candidates(각 10nmole)
A10005 Fluorescently-labeled siRNA : set E
- 3 candidates(각 5nmole)
A10006 Fluorescently-labeled siRNA : set F
- 4 candidates(각 10nmole)

siRNA control
Guaranteed set에 포함되어 있는 control도 개별로 구매 할 수 있습니다.
실험의 정확한 증명을 위해서 또는, 어떠한 문제점이 발생하였을 때 원인을 파악하기 위해서는 반드시 control을 포함하여 실험을 진행해야 합니다.

Negative control : 반드시 siRNA 실험에 포함되어 있어야 하며, target gene과 상동성이 없는 서열을 선택해야 합니다. 유전자 기능에 대해 더 많은 연구를 하기 위하여 Negative control은 target siRNA와 동일한 조성을 가져야 하지만, mRNA와는 확실히 상동성이 없는 것을 사용해야 합니다.

FAM-negative control siRNA : target gene과는 상동성이 없어서 knock-down이 발생하지 않지만, 형광표지를 달아서 사용함으로써 siRNA의 이동경로를 파악하여 transfection 효율을 알 수 있습니다. 형광 표지 된 대조군은 쉽게 사진을 찍을 수 있으며 PH 내성이 커서 살아있는 세포에서 훨씬 안정적입니다.

Positive control siRNA : Positive control은 실험 검증에 매우 중요합니다. Positive control 의 예상 결과를 확인하면 Transfection, RNA 추출 및 검출 방법이 신뢰할 수 있음을 보장 할 수 있습니다. 저희가 제공하는 Positive control은 총 9가지가 준비되어 있습니다.
(LaminA/C, GFP274, Luciferase GL2, MAPK1, Beta-Actin, Vimentin, P53, GAPDH, Cyclophilin B)

Cat. Production Quantity Purification
A06001 Negative control siRNA 1 OD HPLC
A07001 FAM labeled negative control siRNA 1 OD HPLC
A0800X Positive control siRNA 1 OD HPLC

shRNA
siRNA는 합성을 통해 단일가닥이나 이중가닥으로 사용될 수 있으며, Plasmid vector나 virus vector에 loop 서열과 함께 삽입된 vector 형태로도 이용 할 수가 있는데 이것이 바로 shRNA(Short Hairpin RNA) 입니다. shRNA는 cloning을 해야 하므로 초기비용과 시간이 든다는 단점이 있지만, transfection이 수월하고 transfection을 한 이후에 stable cell을 만들면 siRNA가 영구적으로 발현될 수 있다는 점과 siRNA와는 달리 계속적으로 합성 할 필요가 없다는 장점이 있습니다.

shRNA Lentiviral Vector 종류

shRNA Vector 종류

FAQ

Oligo 보관법 및 사용방법
Oligo 는 일반적으로 Dry 된 형태로 공급됩니다.
처음 올리고를 받으시고 뚜껑을 여시기 전 먼저 Centrifuge 에 잠시 돌리신 후 뚜껑을 열어주십시오.
제품을 수령하신 후 용기에 기재된 양의 TE buffer (10 mM Tri-HCl pH8.0, 1 mM EDTA) 또는 멸균증류수에 녹여 100 uM stock 상태로 -20℃이하에 보관하시고,
사용시 적정 농도로 희석하여 사용하시기를 권장합니다.
용액상태로 보관할 때에는 멸균증류수에 녹이는 것보다 TE (10mM Tri-HCl (pH8.0), 0.1mM EDTA) Buffer 에 녹여두시면 더 오래 보관할 수 있습니다.
만약 올리고가 잘 녹지 않을 경우 60~70℃ water bath 에 10~15 분간 incubation 시킨 후 vortex 하여 centrifuge 후에 사용하시기 바랍니다.
올리고의 O.D. 값은 무엇을 의미하나요?
합성 올리고는 매우 미량이라 어느 정도의 양이 있는지 무게를 재서 알아내기는 매우 힘듭니다. 따라서 올리고의 빛의
흡광도를 측정하여 간접적으로 합성 올리고의 정량을 하게 되는데 이때 빛의 흡수량을 O.D. (Optical density) 값으로 표시합니다.
합성된 올리고의 농도 맞추는 방법에 대한 설명.
우선 올리고 합성 시트에 쓰여있는 'volume for 100 pmole/ul' 라는 말은 100 pmole/ul 의 농도로 만들기 위해 첨가해야 할
TE buffer 나 D.W 의 양을 이야기 합니다. 받으신 리포트용지에 각각 189.0 과 209.2 라고 적혔다면, 각 oligomer tube 에 적힌 대로 각각 D.W 등을 189.0 ul 와 209.2 ul 를 각각 첨가했을 때 농도가 100 pmole/ul 가 된다는 것입니다.
합성 올리고의 분자량 (Molecular Weight) 측정은 어떻게 하나요?
다음의 수식에 각 base 의 수를 대입하여 계산합니다.
M.W. =(NA x 249.2) + (NC x 225.2) + (NG x 265.2) + (NT x 240.2) + (oligolength-1) x 63.98) + 2.02
NA = Total number of A
NC = Total number of C
NG = Total number of G
NT = Total number of T
50 nmoles scale로 주문했는데 합성량이 그 보다 적은 이유는?
50 nmole scale 합성은 최종 올리고의 양이 50 nmole 이 된다는 것이 아니라 합성 출발물질의 양을 50 nmole 로 하여 합성을
시작한다는 것을 의미합니다. 따라서 합성 및 정제된 최종 올리고의 양은 올리고의 길이, 합성효율(coupling efficiency, 보통 >98%), 염기조성 등에 따라 변하게 됩니다.